É por esse caminho que o saber começa a ser construído. O ensino, a pesquisa e a extensão da UNIJUÍ são desenvolvidos pelos 12 departamentos que constituem a Universidade. Cada Departamento conta com um professor responsável, chamado Chefe, e os Coordenadores, que são os professores representantes de cada Curso vinculados ao Departamento.

Os Departamentos são integrados pelos docentes dos cursos e secretários. Contemplam toda a estrutura dos seus respectivos cursos no que se refere a laboratórios, salas-ambientes e demais recursos financeiros ou materiais.