As vice-reitorias da UNIJUÍ, juntamente com o Reitor, são responsáveis pelo planejamento, coordenação, supervisão e execução das atividades da atuação universitária. O Reitor e os Vice-Reitores são eleitos em chapa, para o mandato de três anos, pelo voto direto da comunidade universitária e pelo voto representativo da comunidade externa.