A Unijuí dispõe de um Complexo de Pós-graduação, com salas climatizadas e amplo estacionamento. Para os alunos dos cursos de Pós-Graduação são oferecidos materiais didáticos por componentes curriculares e pastas personalizadas.

No Complexo funciona a Secretaria de Pós-Graduação, na qual se encontram informações de todos os programas Lato e Stricto Sensu desenvolvidos na Universidade, bem como, uma previsão das datas para abertura de novas turmas.

A Secretaria de Pós-Graduação está localizada junto ao Prédio A, Campus Ijuí.