Em 28 de junho de 1985 a UNIJUÍ iniciava suas atividades como Instituição de Ensino Superior, chamada Universidade de Ijuí. A portaria publicada no Diário Oficial da União nessa data, pelo então ministro da Educação, Marco Maciel, reconhecia o caráter de Universidade à UNIJUÍ, batizada por Tancredo Neves como ‘primeira universidade da Nova República’. Em 20 de outubro do mesmo ano, acontecia a solenidade oficial de instalação da UNIJUÍ, realizada na Sociedade Ginástica de Ijuí, com a presença do ministro.

A trajetória pioneira da UNIJUÍ é marcada pelo compromisso com a realidade regional, princípio herdado dos Frades Menores Capuchinhos, que junto de lideranças regionais buscaram alternativas para a oferta de Ensino Superior na região. A instalação da Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ijuí (FAFI), em 16 de março de 1957, consolida o empenho e compromisso do grupo instituidor. Em 1969, por meio de escritura pública, o patrimônio da FAFI passa à Fundação de Integração, Desenvolvimento e Educação do Noroeste do Estado do Rio Grande do Sul (FIDENE), que hoje mantém a UNIJUÍ, o Museu Antropológico Diretor Pestana (MADP), o Centro de Educação Básica Francisco de Assis (EFA), e a Rádio Educativa UNIJUÍ (Unijuí FM).

 Em 1993, mais um fato marcante na história da UNIJUÍ. Após a formalização do caráter regional e multicampi, transforma-se na Universidade Regional do Noroeste do Estado do Rio Grande do Sul, ampliando posteriormente seu reconhecimento regional com os campi de Ijuí, Panambi, Santa Rosa e Três Passos, e por meio dos Núcleos Universitários de Santo Augusto e Tenente Portela.