No decorrer de todo seu processo histórico, a FIDENE agregou sete mantidas, que até 2005 eram a UNIJUÍ, o Museu Antropológico Diretor Pestana (MADP); a Escola Francisco de Assis (EFA); a Distribuidora Universitária de Livros (UNILIVROS); os Serviços de Editoração e Gráfica (SEDIGRAF); o Instituto Regional de Desenvolvimento Rural (IRDeR) e a Rádio e Televisão Educativa (RTVE).

Com a revisão do Plano de Desenvolvimento Institucional (PDI) da FIDENE, houve um ajuste na estrutura organizacional que extinguiu a UNILIVROS e o IRDeR. Esse último foi incorporado ao Departamento de Estudos Agrários da UNIJUÍ, como laboratório para a realização de aulas práticas e trabalhos de pesquisa ligados aos cursos de graduação e pós-graduação. A SEDIGRAF também passou por uma adequação, deixando de ser uma mantida da FIDENE. Hoje é Editora UNIJUÍ e pertence a estrutura da Universidade. 

Há meio século a FIDENE vem trabalhando na produção, sistematização e socialização de conhecimentos, por meio de programas de ensino, pesquisa, extensão e de prestação de serviços à comunidade regional, fato que se confirma com uma história onde o envolvimento e empenho da comunidade foi o alicerce para sua solidificação.