O Núcleo de Consultorias tem como missão o apoio ao desenvolvimento regional, por meio da capacitação gerencial e do aperfeiçoamento tecnológico das micro e pequenas empresas. A maioria das ações são realizadas em parceira com o Serviço Brasileiro de Apoio às Micro e Pequenas Empresas (SEBRAE). Esta unidade está vinculada ao Instituto de Políticas Públicas e Desenvolvimento Regional (IPD). No que se refere à interação dos meios acadêmicos e empresarial, destaca-se ainda a parceria existente entre a FIDENE/UNIJUÍ e a Secretaria Estadual de Desenvolvimento e Assuntos Internacionais (Sedai), por meio da qual são desenvolvidos os programas de Capacitação Empresarial, Extensão Empresarial e Redes de Cooperação.