O Museu tem seu acervo constituído por documentos museais,  textuais/bibliográficos e iconográficos ordenados nas Divisões de: Museologia; Documentação e Imagem e Som. Complementam ainda, a estrutura duas outras divisões,     implantadas  parcialmente, a de Educação e  Divulgação e  Laboratórios.

O acervo do Museu foi e continua sendo constituído por doações e, obedece a seguinte organização:

1. Divisão de Museologia tem por objetivo arquivar e preservar o acervo em peças comporta as seções de: arqueologia, antropologia, numismática e filatelia e artes visuais. Aproximadamente, trinta mil peças constituem esta divisão.

2. Divisão de Documentação objetiva a guarda e preservação da documentação referente à: Fidene; ao município de Ijuí; outros municípios do Rio Grande do Sul; cooperativismo; sindicalismo e grupos indígenas Kaingang, Guarani e Xetá. Complementa ainda, a divisão, a hemeroteca com 24 títulos, sendo que  o Correio Serrano e Die Serra Post estão microfilmados e digitalizados.

3. Divisão de Imagem e Som constituída por documentação envolvendo os assuntos da divisão anterior, mas tendo como suporte a fotografia, discos, fitas cassete, filmes e vídeos. Com relação à fotografia o Museu possui importante e significativo acervo, composto por mais de cem mil imagens, resultantes do trabalho de vários fotógrafos.