A Vice-Reitoria de Pós-Graduação, Pesquisa e Extensão é o órgão superior executivo responsável por planejar, coordenar, supervisionar e avaliar a execução dos programas de pós-graduação, de pesquisa e de extensão. Constituem fóruns especializados para auxiliar nestas funções o Comitê de Pós-Graduação Stricto sensu, o Fórum de Coordenadores de Pós-Graduação Lato sensu, o Comitê Científico e de Ética na Pesquisa e o Comitê de Extensão e Cultura. Estes fóruns são presididos pelo Vice-Reitor de Pós-Graduação, Pesquisa e Extensão, auxiliado por assessorias diretas.

Esta Vice-Reitoria atua também como coordenadora e fomentadora das relações internacionais da UNIJUÍ, que possuem como órgão de apoio a Assessoria de Assuntos Internacionais e o Fórum dos Gestores dos convênios Internacionais. O foco das relações internacionais são os intercâmbios de alunos e docentes de graduação e de pós-graduação e a realização de pesquisas e publicações conjuntas.

Estão sob a responsabilidade desta Vice-Reitoria: a Coordenadoria de Desenvolvimento Institucional (CDI); a Agência de Inovação Tecnológica; a Produtora Cultural (AGIT/UNIJUI); o Grupo de Teatro; e o Coral UNIJUÍ.