A Instituição tem, permanentemente, buscado garantir que a gestão se realize de forma democrática e participativa, com destaque para as instâncias formais de decisão. A FIDENE organiza-se em instâncias de deliberação, de administração e execução e em instâncias de caráter consultivo. O Presidente e o Vice-Presidente são eleitos pela Assembléia Geral para um mandato de três anos, permitida uma reeleição. Já o Diretor Executivo é de livre escolha do Presidente da Fundação. As instâncias compreendem a Assembléia Geral, órgão soberano da FIDENE, ao qual cabe a definição, em instância final, das políticas, do planejamento e da condução da atuação institucional; o Conselho Curador, que cumpre função de orientação superior e de fiscalização; a Presidência, constituída pelo(a) Presidente(a) e Vice-Presidente (a); o Conselho Diretor, órgão deliberativo e consultivo; os Conselhos Comunitários, instituídos nas microrregiões sedes de cada um dos Campi da UNIJUÍ por iniciativa das mesmas; a Direção Executiva, responsável pelos atos necessários à administração da Fundação; e o Fórum das Mantidas, espaço da articulação e da socialização dos fazeres específicos.