No caso específico da UNIJUÍ, destaca-se a participação, no processo decisório, de representantes de todas as categorias que a constituem - docentes, discentes, técnico-administrativos e de apoio e comunidade externa representativa nos órgãos de decisão da Universidade, em especial em sua instância superior, que é o Conselho Universitário (Consu).

Além da participação dos segmentos, destaca-se a consolidação de um sistema técnico de gestão, que tem por fundamentos o Plano de Desenvolvimento Institucional, os Planos Plurianuais, as Diretrizes Orçamentárias e o Orçamento-Programa, instrumentos construídos por meio de um processo democrático, em que as definições são feitas sempre coletivamente.

O processo de escolha dos dirigentes da Universidade também é pautado pela democracia e pela representatividade de todos os segmentos. A Reitoria, órgão superior executivo, é coordenada pelo Reitor e composta pelos Vice-Reitores de Graduação, de Pós-Graduação, Pesquisa e Extensão, e de Administração, e ainda pelos Pró-Reitores de Campus. O Reitor e os Vice-Reitores são eleitos em chapa dentre os membros do quadro de carreira do magistério superior, para mandato de três anos, renovável por uma vez. Já os Pró-Reitores são de livre escolha do reitor.

O fortalecimento do projeto institucional foi uma das grandes linhas de ação da UNIJUÍ neste período. Além desta estrutura descentralizada da Reitoria, que fortaleceu a presença da Universidade nas diversas microrregiões, a UNIJUÍ tem participado ativamente de duas entidades representativas – o Consórcio das Universidades Comunitárias Gaúchas (Comung) e a Associação Brasileira das Universidades Comunitárias (Abruc), que tem a UNIJUÍ, respectivamente, na presidência e na vice-presidência.