A Assembleia Geral é o órgão soberano da Fundação, conforme dispõe o artigo 6º do Estatuto da FIDENE. Em 2018 a Assembleia Geral esteve composta pelos seguintes membros:
| DESCRIÇÃO ESTATUTÁRIA | ||
| I – Presidente da Fundação | Cátia Maria Nehring | |
| II – Vice-Presidente da Fundação | Martinho Luís Kelm | |
| III – um representante da Associação Literária São Boaventura, doadora do patrimônio inicial de constituição da Fundação ou de sua sucessora. | Frei Gilmar Gonçalves de Azevedo | |
| IV – um representante da Inspetoria Salesiana São Pio X, mantenedora do Instituto Educacional Dom Bosco, em razão da transferência dos cursos superiores da Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras e da Faculdade de Educação Física à Fidene. | Padre Asídio Deretti | |
| V – um representante da Igreja Evangélica de Confissão Luterana no Brasil – IECLB, em razão da doação de recursos para investimentos em infraestrutura da FIDENE e suas mantidas. | Pastora Ana Isa dos Reis | |
| VI – um representante do governo do Estado do Rio Grande do Sul designado pelo governador do Estado. | Sem indicação | |
| VII – um representante do Poder Executivo e um do Poder Legislativo de cada município sede de campus da UNIJUÍ que venham contribuindo, com o limite mínimo fixado, em Assembleia Geral da FIDENE, nas condições estabelecidas pela mesma Assembleia. | Poder Executivo de Ijuí: Valdir Heck | |
| Poder Executivo de Santa Rosa: Alcides Vicini/Luís Antônio Benvegnú | ||
| Poder Executivo de Três Passos: José Carlos Amaral | ||
| Poder Executivo de Panambi: Daniel Hinnah | ||
| Poder Legislativo de Ijuí: Marildo Kronbauer | ||
| Poder Legislativo de Santa Rosa: Paulo Roberto dos Santos | ||
| Poder Legislativo de Três Passos: não houve participação | ||
| Poder Legislativo de Panambi: não houve participação | ||
| VIII – três representantes de cada Conselho Regional de Desenvolvimento com sede na área de abrangência da FIDENE/UNIJUÍ. |
Conselho Regional do Noroeste Colonial (COREDE-NORC)
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Conselho Regional Fronteira Noroeste (COREDE Fronteira Noroeste)
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Conselho Regional Celeiro (COREDE-CELEIRO)
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| IX – um representante de entidade brasileira que contribua, de uma vez, com doação não inferior ao limite mínimo fixado em Assembleia Geral da Fundação. | ||
| X – um representante de entidade brasileira, de município não sede de campus e de Associação de Contribuintes à Fundação, que venham efetivamente contribuindo, com o limite mínimo fixado, em Assembleia Geral da FIDENE, nas condições estabelecidas pela mesma Assembleia. |
Poder Executivo de Santa Rosa: Luís Antônio Benvegnú Poder Executivo de Ijuí: Valdir Heck |
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| XI – o reitor, os vice-reitores, os pró-reitores de Campus e os chefes de Departamentos da Universidade Regional do Noroeste do Estado do Rio Grande do Sul – UNIJUÍ. | Reitora: Cátia Maria Nehring | |
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| Vice-Reitora de Graduação: Cristina Eliza Pozzobon | ||
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Vice-Reitor de Pós-Graduação, Pesquisa e Extensão: Fernando Jaime González |
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| Vice-Reitor de Administração: Dieter Rugard Siedenberg | ||
| Pró-Reitor do Campus Santa Rosa: Ariosto Sparemberger | ||
| Pró-Reitor do Campus Panambi: Nelson José Thesing | ||
| Pró-Reitora Interina do Campus Três Passos: Fátima Marlise Marroni Rosa Lopes | ||
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Chefe do:
Departamento de Humanidades e Educação (DHE): Rosita da Silva Santos mandato 6 de julho de 2017 a 5 de julho de 2020. |
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Departamento de Ciências Jurídicas e Sociais (DCJS): Joaquim Henrique Gatto mandato de 6 de julho de 2017 a 5 de julho de 2020. |
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Departamento de Ciências Administrativas, Contábeis, Econômicas e da Comunicação (DACEC): Euselia Paveglio Vieira mandato de 6 de julho de 2017 a 5 de julho de 2020. |
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Departamento de Ciências Exatas e Engenharias (DCEEng): Maurício de Campos mandato 6 de julho de 2017 a 31 de dezembro de 2018. |
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Departamento de Ciências da Vida (DCVida): Márcio Júnior Strassburger mandato de 15 de julho de 2017 a 14 de julho de 2020. |
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Departamento de Estudos Agrários (DEAg): Osório Antônio Lucchese mandato de 1º de agosto de 2017 a 31 de julho de 2020. |
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| XII – o Dirigente de cada uma das demais mantidas da FIDENE. |
Diretora do Centro de Educação Básica Francisco de Assis: Maria do Carmo Pilissão |
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Diretora do Museu Antropológico Diretor Pestana: Stela Mariz Zambiazi de Oliveira |
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Diretora da Rádio Educativa UNIJUÍ FM 106.9: Cláudia Cristina Gesing Bohrer |
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| XIII – representantes dos professores da FIDENE, correspondente ao número de campus universitário, eleitos por seus pares em eleição coordenada por comissão designada pelo Presidente da Fundação, para mandato de três anos. |
Mandato: 12 de junho de 2016 a 11 de junho de 2019 Carlos Alberto Simões Wayhs Denize da Rosa Fraga Maiquel Ângelo Dezordi Wermuth |
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| XIV – representantes do pessoal técnico-administrativo e de apoio da FIDENE, correspondente ao número de campus universitário, eleitos por seus pares em eleição coordenada por comissão designada pelo presidente da Fundação, para mandato de três anos. |
Mandato: 12 de junho de 2016 a 11 de junho de 2019 Amália Iracema Pasche Eliza de Fátima Menegazzo Leila Wadas Marcos Antônio Clebsch |
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| XV – representantes dos estudantes da UNIJUÍ, correspondente ao número de campus universitário, indicados pelo Diretório Central dos Estudantes no início de cada ano letivo. | Vaga em aberto | |
| Vaga em aberto | ||
| Vaga em aberto | ||
| Vaga em aberto | ||
A Assembleia Geral esteve reunida em duas oportunidades no decorrer deste ano de 2018 para apreciar e deliberar sobre os seguintes assuntos: